Le premier long-métrage d'Élise Girard s'intitulait
Belleville-Tokyo. La capitale japonaise n'y était qu'un fantasme. C'est cependant grâce à ce film que la réalisatrice a pu découvrir le Japon : en effet, à l'occasion de la sortie de ce long-métrage dans le pays asiatique, elle a été invitée par le distributeur local à y passer une semaine, entre Osaka, Kyoto et Tokyo.
C'était la première fois qu'elle y mettait les pieds :
"Ce séjour assez bref a été extrêmement important et déroutant pour moi. J'étais la seule Française, entourée de nombreux Japonais. Comme il arrive au personnage de Sidonie, j'ai rencontré des journalistes, donné des conférences de presse, fait l'expérience toujours bizarre de la traduction entre le français et le japonais." Elle a été frappée par le silence et la délicatesse des gens.
Elle y est retournée en 2017, six mois après la sortie de Drôles d'oiseaux, dans le cadre d'une bourse Louis Lumière Hors les Murs de l'Institut Français. C'est durant ce séjour d'un mois et demi qu'elle a écrit Sidonie au Japon. Elle y est allée ensuite début 2019 pour le casting, puis en août 2021 pour le tournage qui devait commencer le mois suivant mais a été annulé en raison de la pandémie. Finalement, le film a été filmé entre juin et juillet 2022.
