Après avoir été l'assistant-réalisateur de plusieurs metteurs en scène prestigieux, comme Patrice Chéreau, Maurice Pialat ou Robert Altman, Emmanuel Hamon a choisi de se tourner vers la réalisation pour se consacrer au documentaire politique, social et historique. Il a ainsi mis en scène des documentaires de ce type pendant une dizaine d'années.
Exfiltrés signe son retour à la fiction et son premier long-métrage. Il explique :
"Dans mes documentaires, je m'intéressais beaucoup à la violence d'État, y compris en démocratie, à la façon dont les individus se débrouillent avec un système, s'ils s'en accommodent ou pas. Je voulais à nouveau faire de la fiction, et un des producteurs du film qui suivait mon travail m'a raconté cette histoire, dont il connaissait un des protagonistes. J'ai trouvé qu'elle racontait quelque chose sur le monde dans lequel nous vivons tous et sur une génération très jeune, que nous avons essayé de représenter dans le film. C'est aussi une histoire d'une grande efficacité dramatique, avec un grand potentiel de thriller, ce sur quoi Benjamin Dupas et moi avons beaucoup travaillé lors de l'écriture du scénario."
