Coeur de Pierre est une histoire inspirée d'un article de presse trouvé sur Internet. Rouben Manika a tout d'abord écrit un traitement pour une version longue qui traite essentiellement de la relation entre deux amis où le harcèlement verbal, physique et psychologique à l'école est mis en avant.
L'écriture du long-métrage prenant de plus en plus d'ampleur, Rouben a décidé d'écrire une version courte en apportant plus d'émotion.
Par la suite, il a pris la décision avec ses scénaristes de modifier l'intrigue. Contrairement à la version longue, Nolan ne travaille plus pour payer la pierre tombale de son ami mais en vole une et se retrouve devant une juge pour mineur. On parle alors de profanation.
« Ce qui m'a motivé dans cette histoire, c'est tout d'abord la première image qui m'est venue en tête, celle d'un jeune de 13 ans qui se retrouve face à une pierre tombale. Elle me paraissait forte et nouvelle, mais surtout émouvante. Il y avait quelque chose de marquant à raconter : « Il faut payer même après la mort ».