Le réalisateur Martin Provost est un habitué des tournages dans le Val d'Oise (
Sage femme à Eragny-sur-Oise) et plus particulièrement dans le Vexin (
Séraphine,
Violette), et ce n'est pas une surprise puisqu'il réside à côté de Vétheuil.
Pour
La Bonne épouse, il ne déroge pas à cette règle puisqu'il a posé sa caméra pendant une dizaine de jours dans le Vexin pour y réaliser la séquence où Noémie Lvovsky et Yolande Moreau font les folles à bord d'un van à trois roues (D37), mais encore cette d'un embouteillage filmé entre Nesles-la-Vallée et Hérouville-en-Vexin, ou celle de la cérémonie funèbre de François Berléand à l'église de Valmondois.
D'autres plans ont été filmés dans une maison de Nesles-la-Vallée. Toutes ces scènes sont censées se passer en Alsace, région où se déroule l'intrigue qui a été choisie par le réalisateur afin de marquer le fossé qui séparait Paris et la province, à la fin des années 60 :
« Dans ma jeunesse, Paris incarnait le rêve absolu. La rapidité des transports et des moyens de communication a changé la donne. D'ailleurs on ne dit plus la Province mais les Régions. Avec Séverine nous avons très vite pensé à l'Alsace parce que c'est une région qui a beaucoup souffert de la Seconde Guerre mondiale. Une région éloignée, sauvage, comme l'était la Bretagne de mon enfance »